Appartenente alla nobile famiglia dei Colonna in quanto figlia di Fabrizio Colonna e di Agnese di Montefeltro, dei Duchi di Urbino. Ella stessa ebbe il titolo di marchesa di Pescara. I Colonna erano, in quegli anni, alleati della famiglia D’Avalos e, per suggellare tale alleanza, concordarono il matrimonio fra Vittoria e Ferdinando Francesco quando ancora erano bambini. I due si sposarono il 27 dicembre 1509 ad Ischia, nel Castello Aragonese.

Il soggiorno di Vittoria Colonna ad Ischia, dal 1501 al 1536, coincise con un momento culturalmente assai felice per l'isola: la poetessa fu infatti circondata dai migliori artisti e letterati del secolo, tra cui Michelangelo Buonarroti, Ludovico Ariosto, Iacopo Sannazzaro, Giovanni Pontano, Bernardo Tasso, Annibale Caro, l'Aretino e molti altri...

Il matrimonio con D'Avalos, sebbene combinato per servire le politiche di famiglia, riuscì anche dal punto di vista sentimentale, ma i due coniugi non trascorsero molto tempo insieme a Ischia dove si erano stabiliti, perché Ferdinando Francesco nel 1511 partì in guerra agli ordini del suocero per combattere per la Spagna contro la Francia. Fu preso prigioniero in occasione della Battaglia di Ravenna nel 1512 e deportato in Francia. Successivamente, divenne un ufficiale dell’esercito di Carlo V e rimase gravemente ferito durante la Battaglia di Pavia, il 24 febbraio 1525. Vittoria partì subito per raggiungerlo ma la notizia della sua morte la raggiunse mentre era in viaggio. Cadde in depressione e meditò il suicidio ma riuscì a superarla anche grazie alla vicinanza dei suoi amici.

Decise di ritirarsi in convento a Roma e strinse amicizie con varie personalità ecclesiastiche che alimentavano una corrente di riforma all’interno della Chiesa Cattolica, tra cui, soprattutto, Juan de Valdés e Bernardino Ochino.

Non rimase a lungo in pace perché il fratello, Ascanio Colonna, entrò in conflitto con il papa, una prima volta con Clemente VII, ed in tale occasione si trasferì a Marino e poi di nuovo a Ischia e cercò di mediare fra i contendenti. Questo, tuttavia, le evitò di vivere in prima persona la vicissitudine del Sacco di Roma (1527) e le consentì di prestare aiuto alla popolazione e di riscattare prigionieri anche ricorrendo alle proprie sostanze.

Ritornata a Roma nel 1531, nel 1535 conobbe Pietro Carnesecchi con cui intrecciò un rapporto di amicizia. In seguito, le venne l’ispirazione di compiere un viaggio in Terra santa per cui si trasferì a Ferrara nel 1537, in attesa di ottenere i permessi dal Papa, con l’intenzione di imbarcarsi da Venezia. Tuttavia non partì: la salute malferma la costrinse a rinunciare all’idea. Nel 1539 rientrò a Roma dove divenne amica di Michelangelo Buonarroti che la stimò enormemente e su cui ebbe una grande influenza.